La preparación automatizada de muestras genómicas de Biomek acelera la investigación

Automated Illumina TruSeq DNA PCR-Free de Biomek Serie i

Introducción

El flujo de trabajo de preparación de muestras del Illumina TruSeq DNA PCR-Free está diseñado para generar bibliotecas de emparejamiento doble (paired-end) sin necesidad de amplificación por PCR. La química de esferas de inmovilización reversible de fase sólida (SPRI) se utiliza a lo largo del protocolo para la selección del tamaño y los pasos de limpieza de las muestras. El proceso puede ser laborioso y conllevar errores y, por lo tanto, es ideal para automatizarlo con Biomek. Elija entre las estaciones de trabajo de manipulación de líquidos de bajo a alto rendimiento de Biomek para automatizar todos los pasos del flujo de trabajo, proporcionando la opción de una solución completa sin necesidad presencial del usuario. Se ha demostrado que los métodos ofrecen bibliotecas listas para la secuencia mediante el uso demostrado de muestras científicamente relevantes. Estos métodos listos para implementar son compatibles con las versiones LT o HT de los kits de preparación de muestras sin ADN de Illumina TruSeq DNA PCR Free (Illumina ref. FC-121-3001, FC-121-3002 o FC-121-3003).

Esta aplicación automatizada está disponible en todas las plataformas Biomek y proporciona:

  • Flujo de trabajo estandarizado para obtener mejores resultados
  • Reducción de errores costosos
  • Reducción del tiempo de manipulación y aumento de la productividad
  • Implementación rápida con métodos “listos para implementar” disponibles, entregados por equipos de apoyo cualificados

Artículo destacado: Estación de trabajo genómica Biomek i5 Span-8

Estación de trabajo genómica Biomek i5 Configuración Figura 1

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Las características del sistema ofrecen fiabilidad y eficiencia para aumentar la confianza del usuario y el tiempo de respuesta.
  • Capacidad de pipeteo de 1-1000 μl
  • Agarrador giratorio independiente de 360º con mordazas desplazadas
  • 25 posiciones
  • Agitadores orbitales, peltiers y lavado de puntas para controlar el procesamiento de muestras
  • Artículos opcionales
    • Carcasa
    • Integración del termociclador en plataforma (Biometra T-Robot, Thermo ATC)

Figura 1. Estación de trabajo genómica Biomek i5 Span-8 con carcasa opcional en un carro Biomek. Diseño de cubierta con termociclador en plataforma opcional para un mayor sin necesidad presencial.

Interfaz de método demostrada (DMI)

Tres módulos sencillos que proporcionan al usuario instrucciones completas para garantizar mejor la configuración de métodos sin errores y proporcionar a los usuarios la máxima flexibilidad para programar su día.

1. Lanzador de métodos Biomek (BML): interfaz segura para seleccionar métodos sin afectar a la integridad del método y al control manual.

Figura 2. El lanzador de métodos de Biomek proporcionó una interfaz fácil para iniciar el método.

Póster genómico ADNlc Química escalable Figura 1

Figure 2

Póster genómico ADNlc Química escalable Figura 2

Figure 3

Figura 3. El control manual puede ejecutarse a través de la interfaz del lanzador.

2. Selector de opciones de método (MOS): Seleccione opciones de tiempo de ejecución y maximice la flexibilidad en la programación diaria y la ejecución de métodos.

Selector de opciones de método de estación de trabajo genómica, figura 4

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Figura 4. Selector de opciones de método del Illumina TruSeq DNA PCR-Free que muestra las diferentes características y opciones de ejecución. Los usuarios pueden elegir entre procesar cualquier número de muestras entre 1 y 96. El método se divide en módulos basados en los puntos de parada recomendados por Illumina, por lo que el usuario tiene flexibilidad para ejecutar módulos específicos o método completo. El MOS también ofrece la opción de procesar un tamaño de inserto de 350 bp o 550 bp. Los adaptadores pueden transferirse utilizando la placa adaptadora de ADN de 96 pocillos de Illumina o el material de laboratorio de adaptador personalizado. Las transferencias de adaptador pueden ser automáticas o mediante un archivo de transferencia definido por el usuario.

3. Configuración de material de laboratorio guiado (GLS): Generado según las opciones seleccionadas en el MOS, proporciona las instrucciones de configuración gráfica y texto específicas del usuario con cálculos del reactivo.

Configuración de material de laboratorio guiado para la estación de trabajo Genómica Figura 5

Figure 5

Figura 5. La configuración guiada de material de laboratorio muestra volúmenes de reactivos y notas de configuración y guía al usuario para realizar la configuración correcta de la plataforma.

Diseño modular

Flexibilidad integrada para capacidad de procesamiento y programación escalables.

Flujo de trabajo de la estación de trabajo genómica, figura 6

Figure 6

Figura 6. Flujo de trabajo de Illumina TruSeq DNA PCR-Free.

Descripción del proceso principal 24 muestras  48 muestras 96 muestras
Finalizar reparación 1 hr 46 min 2 hr 8 min 2 hr 50 min
Adición de A, ligadura 1 hr 26 min 1 hr 47 min 2 hr 28 min
Tiempo de trabajo manual 15 minutos 15 minutos 15 minutos
Tiempo total de ejecución del método 3 hr 26 min 4 hr 10 min 5 hr 32 min

Nota: **En el tiempo no se incluye la descongelación de reactivos.

Tabla 1. Tiempos de ejecución estimados para Illumina TruSeq DNA PCR-Free en la estación de trabajo genómica i5 Span-8. El método se divide en módulos basados en los puntos de parada recomendados por Illumina. Los usuarios pueden elegir entre 1-96 muestras y tienen flexibilidad para ejecutar módulos específicos o el método completo.

Resultados y diseño experimental

El ADN genómico (Promega ref. G3041) se recortó utilizando un generador de ultrasonido concentrado Covaris S220 con los ajustes definidos en el protocolo del kit de preparación de muestras del Illumina TruSeq DNA PCR-Free para un tamaño de inserto de 550 bp para 12 réplicas. 2 μg del ADN recortado se cargó en un volumen de 50 μl. La calidad de la biblioteca se evaluó utilizando el kit de sensibilidad alta D5000 de Agilent TapeStation.

Trazado de biblioteca de la estación de trabajo genómica Figura 7

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Figura 7. Trazado de biblioteca final preparado sobre Agilent TapeStation utilizando el kit HS D5000. El tamaño de la biblioteca es comparable al protocolo de Illumina y no se produjeron dímeros adaptadores a 120 pb. El rendimiento de qPCR fue de ~9 nm.

Resumen

Se demostró que el kit de preparación de muestras de Illumina TruSeq DNA PCR-Free automatizado en la nueva estación de trabajo de la serie i proporciona una preparación de muestras de lectura rápida, flexible y eficaz, lo que se traduce en bibliotecas listas para secuenciación.

 

Las estaciones de trabajo automatizadas Biomek no están destinadas ni se han validado para su uso en el diagnóstico de enfermedades u otras afecciones. Los datos compartidos en este documento se obtuvieron durante el desarrollo. © 2019 Beckman Coulter, Inc. Todos los derechos reservados. Beckman Coulter, el logotipo estilizado y las marcas de producto y servicio de Beckman Coulter que aquí se mencionan son marcas comerciales o marcas comerciales registradas de Beckman Coulter, Inc. en los Estados Unidos y otros países.

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