Kit de preparación automatizado de Illumina TruSeq Exome Library de la serie i de Biomek

Introducción

El kit de preparación de Illumina TruSeq Exome Library es un flujo de trabajo para generar bibliotecas de emparejamiento doble (paired-end) indexadas y está especialmente diseñado para trabajar con muestras de parafina fijada en formol (FFPE). La química de esferas de inmovilización reversible de fase sólida (SPRI) se utiliza a lo largo del protocolo para la selección del tamaño y los pasos de limpieza de las muestras. El proceso puede ser laborioso y conllevar errores y, por lo tanto, es ideal para automatizarlo con Biomek. Elija entre las estaciones de trabajo de manipulación de líquidos de bajo a alto rendimiento de Biomek para automatizar todos los pasos del flujo de trabajo, proporcionando la opción de una solución completa sin necesidad presencial del usuario. Se ha demostrado que los métodos ofrecen bibliotecas listas para la secuencia mediante el uso demostrado de muestras científicamente relevantes. Estos métodos listos para implementar son compatibles con los kits de preparación de Illumina TruSeq Exome Library (Illumina ref. FC-150-001, FC-150-002 o FC-150-003).

Esta aplicación está automatizada en varias estaciones de trabajo Biomek y proporciona:

  • Flujo de trabajo estandarizado para obtener mejores resultados
  • Reducción de errores costosos
  • Reducción del tiempo de manipulación y aumento de la productividad
  • Implementación rápida con métodos “listos para implementar” disponibles, entregados por equipos de apoyo cualificados

Artículo destacado: Estación de trabajo genómica híbrida Biomek i7

Las funciones del sistema proporcionan el mayor rendimiento y flexibilidad de todas las estaciones de trabajo genómicas de Biomek para maximizar la eficiencia y fiabilidad y aumentar la confianza del usuario y el tiempo de autonomía.

Configuración de la estación de trabajo genómica Biomek i7 Figura 1

Figure 1

  • Cabezal multicanal de 300 μl o 1200 μl con rango de pipeteo de 1-250 μl y 1-1000 μl
  • Capacidad de pipeteo de 0,5-5000 μl
  • Pipeteo de punta selectiva mejorado para transferir conjuntos de muestras personalizados
  • Dos agarradores giratorio independiente de 360º con mordazas desplazadas
  • 45 posiciones
  • Agitadores orbitales, peltiers y lavado de puntas para controlar el procesamiento de muestras
  • Carcasa opcional*

Figura 1. Estación de trabajo genómica híbrida Biomek i7 con carcasa opcional en un carro Biomek. La capacidad de plataforma de 45 posiciones maximiza la eficiencia y aumenta el tiempo de autonomía.

Interfaz de método demostrada (DMI)

Tres módulos sencillos que proporcionan al usuario instrucciones completas para garantizar mejor la configuración de métodos sin errores y proporcionar a los usuarios la máxima flexibilidad para programar su día.

1. Lanzador de métodos Biomek (BML): interfaz segura para seleccionar métodos sin afectar a la integridad del método y al control manual.

Figura 2. El lanzador de métodos de Biomek proporcionó una interfaz fácil para iniciar el método.

Póster genómico ADNlc Química escalable Figura 1

Figure 2

Póster genómico ADNlc Química escalable Figura 2

Figure 3

Figura 3. El control manual puede ejecutarse a través de la interfaz del lanzador.

2. Selector de opciones de método (MOS): Seleccione opciones de tiempo de ejecución y maximice la flexibilidad en la programación diaria y la ejecución de métodos.

Estación de trabajo Genómica Biomek i7 Selector de opciones de método Figura 4

Figure 4

Figura 4. Selector de opciones de método del Illumina TruSeq Exom que muestra las diferentes características y opciones de ejecución. El método se divide en módulos basados en los puntos de parada recomendados por Illumina, por lo que el usuario tiene flexibilidad para ejecutar módulos específicos o método completo.

3. Configuración de material de laboratorio guiado (GLS): Generado según las opciones seleccionadas en el MOS, proporciona las instrucciones de configuración gráfica y texto específicas del usuario con cálculos del reactivo.

Estación de trabajo genómica Biomek i7 Configuración de material de laboratorio guiada Figura 5

Figure 5

Figura 5. La configuración guiada de material de laboratorio muestra volúmenes de reactivos y notas de configuración y guía al usuario para realizar la configuración correcta de la plataforma.

Diseño modular

Flexibilidad integrada para capacidad de procesamiento y programación escalables.

Estación de trabajo genómica Biomek i7 Diseño modular Figura 6

Figure 6

Figura 6. Flujo de trabajo de Illumina TruSeq Exome.

Descripción del proceso principal para 96 muestras/8 mezclas* Sección 1  Sección 2 Sección 3
TruSeq Exome 6 hr 23 min 2 hr 16 min 3 hr 28 min
Tiempo de trabajo manual 30 min 15 minutos 15 minutos

Nota: **El tiempo no incluye la descongelación de reactivos, la hibridación o el control de calidad de la biblioteca

Tabla 1. Tiempo de respuesta de Illumina TruSeq Exome en i7 la estación de trabajo Hybrid Genomics Workstation. El método es modular, basado en los puntos de parada recomendados por Illumina. Los usuarios pueden elegir entre 1-96 muestras y 1 a 8 mezclas.

Resultados y diseño experimental

El ADN se extraía de muestras FFPE utilizando el kit de extracción FormaPure de ADN de Beckman Coulter.
El estándar de referencia de Horizon Quantitative Multiplex para los bloques FFPE (HD200), mama/pecho (FFPE 76 y FFPE
96), pulmones (FFPE 110 y FFPE 121) e hígado (FFPE 107) se utilizaron para generar bibliotecas utilizando
el kit Exome de Illumina TruSeq y secuenciado con NextSeq. La calidad de la biblioteca se evaluó utilizando el
Kit de alta sensibilidad D5000 de Agilent TapEstation.

Producción de ADN FFPR de la estación de trabajo genómica Biomek i7 Figura 7

Figure 7

Figura 7. Rendimiento de la biblioteca en ng medido mediante el ensayo Quant-IT Picogreen.

Estación de trabajo genómica Biomek i7 Biblioteca alineada por porcentaje Figura 8

Figure 8

Figura 8 Resultados de alineación de secuencia de FFPE TruSeq Exome.

Estación de trabajo genómica Biomek i7 Análisis de región objetivo Figura 9

Figure 9

Figura 9. Profundidad del análisis de la región objetivo de FFPE TruSeq Exome

Resumen

La serie de secuenciación generó lecturas de filtro de 112,9M con el 96 % de las lecturas identificadas. El 80 % de las regiones objetivo se cubrieron a una profundidad de al menos 20X para las muestras del bloque FFPE, mientras que más del 95 % de las regiones objetivo para la muestra de Horizon se cubrieron a una profundidad de 20X. En conclusión, los manipuladores de líquidos Biomek Serie I ofrecen una solución flexible para flujos de trabajo NGS complejos con tipos de muestras difíciles.

 

Todas las marcas comerciales pertenecen a sus respectivos propietarios.
Datos obtenidos durante el desarrollo.
Solo para uso en investigación. No para procedimientos diagnósticos
©2016 Beckman Coulter, Inc. Todos los derechos reservados. Beckman Coulter, el logotipo estilizado y las marcas de producto y servicio de Beckman Coulter que aquí se mencionan son marcas comerciales o marcas comerciales registradas de Beckman Coulter, Inc. en los Estados Unidos y otros países.