Extracción automatizada de ADN genómico de grandes volúmenes de sangre completa

Tipo de contenido: Póster
Autores: Dr. Han Wei; Dr. Brittany Niccum; Dra. Li Liu; Mary Blair; M. C. Randy Pares

Introducción

Las muestras de sangre completa son fundamentales para la predicción y el diagnóstico de enfermedades. La obtención de ADN genómico (gADN) concentrado, intacto y de alta calidad de sangre completa es el paso crítico para aplicaciones de investigación posteriores como qPCR, análisis de micromatrices y secuenciación de nueva generación (NGS). El término biobanco se refiere a una gran colección de muestras de tejido, como sangre y suero, que se recogen con fines de investigación. Con el fin de tener acceso a grandes cantidades de muestras humanas y datos, un número cada vez mayor de investigadores busca acceder a muestras disponibles a través de los biobancos.

Presentamos un método de extracción de ADN automatizado, de alta calidad y listo para la investigación, de grandes volúmenes de sangre El kit de aislamiento de ADN GenFind V3 automatizado en el sistema KingFisher Duo Prime proporciona un sistema escalable y consistente para la extracción de gADN de 2 ml de sangre completa. El kit de aislamiento de ADN GenFind V3 utiliza la tecnología de esferas paramagnéticas de SPRI (inmovilización reversible de fase sólida) para aislar ADN genómico de sangre completa fresca o congelada y suero conteniendo anticoagulantes de citrato, EDTA o heparina. La plataforma combinada de automatización y química procesa 6 muestras en menos de 2 horas (si se prefiere el sistema KingFisher Presto, se pueden procesar 24 muestras en menos de 2 horas). Se realizó una comparación entre extracción manual y extracción automátizada con varios donantes. NanoDrop y TapeStation de gADN tuvieron acceso a los indicadores de métrica de calidad de rendimiento, pureza e integridad del ADN. El rendimiento del gADN de 2 ml de sangre completa fue de entre 30 y 80 μg. El gADN recuperado mostró una alta pureza con proporciones A260/A280 de aproximadamente 1,8 y proporciones A260/A230 superiores a 1,6. La integridad del ADN, medida según el número de integridad del ADN (DIN), fue superior a 9,0. El gDNA extraído utilizando el GenFind V3 y el sistema KingFisher Duo Prime fue adecuado para aplicaciones posteriores como PCR, Microarray y NGS.

¿Por qué confiar en la extracción de Beckman?

Póster genómico Por qué Beckman Figura 1

Figura 1. La química AMPure XP se basa en la tecnología de esferas paramagnéticas SPRI, donde el ácido nucleico se inmoviliza en esferas, se le eliminan los contaminantes y luego se eluye. El kit de aislamiento de ADN GenFind V3 utiliza la tecnología de esferas paramagnéticas SPRI para aislar ADN genómico de sangre completa fresca o congelada y suero.

Extracción manual de ADN genómico de 2 ml de sangre usando GenFind V3

Póster genómico Extraction manual de ADN Figura 2

Figura 2. El ADN genómico se extrajo de 2 ml de sangre completa congelada. Se utilizaron 4 donantes diferentes y tres tubos de recogida de sangre diferentes en la demostración de extracción manual. (A) El rendimiento del ADN fue medido con NanoDrop (Thermo Fisher Scientific). (B y C) Se obtuvo la pureza del ADN mediante el NanoDrop. 260/280 es aproximadamente 1,8 y 260/230 es superior a 1,6 para todos los donantes analizados con tres tubos de recogida de sangre: Citrato, EDTA o heparina.

Extracción automatizada de ADN genómico de 2 ml de sangre usando GenFind V3

Póster genómico Extraction automatizada de ADN Figura 3

Figura 3 Sistema KingFisher Duo Prime. (A) La plataforma se utilizó en la demostración de GenFind V3. (B) Cabezal magnético utilizado para GenFind V3.

 

Paso de purificación del ADN Fila de placas Reactivo Volumen (µl) Tiempo de mezcla/Velocidad de mezcla/Tiempo de pausa Recuento/tiempo de recogida (s) Loop (Bucle)
Lisis Placa1-A Sangre 2000 3 min/rápida/5 min NA 1 Calentamiento a 42 °C
Tampón de lisis LBB 1750 Lento/25 min
Unión Placa 1-A Lisado 3750 2 min/rápida/8 min 5/30 s 2
Tampón de unión BBB 1250
Lavado WBB-1 Placa 1-B Tampón de lavado WBB 4000 1,5 min/media/2 min/inferior/1,5 min/rápida/3 min 5/30 s 1
Lavado WBB-2 Placa 1-C Tampón de lavado WBB 4000 1,5 min/media/2 min/inferior/1,5 min/rápida/3 min 5/30 s 1
Lavado WBC-1 Placa 1-D Tampón de lavado WBC 5000 1,5 min/media/2 min/inferior/1,5 min/rápida/3 min 5/30 s 1
Lavado WBC-2 Placa 2-A Tampón de lavado WBC 5000 1,5 min/media/2 min/inferior/1,5 min/rápida/3 min 5/30 s 1
Seca Placa 2-A NA NA 1 min
Elución Placa 2-B Agua sin nucleasa 400 30 s/Lenta/1 min 5/30 s 1

Tabla 1. Configuración de aislamiento de ADN de KingFisher Duo Prime

 

Póster genómico Rendimiento del ADN Figura 4

Figura 4. El ADN genómico se extrajo de 2 ml de sangre completa congelada utilizando el sistema KingFisher Duo. Se utilizó la misma cohorte de muestras que en la demostración de extracción automatizada. (A) El rendimiento del ADN fue medido con NanoDrop (Thermo Fisher Scientific). El rendimiento fue mayor al utilizar el método de extracción automatizado con respecto a la extracción manual. (B y C) Se obtuvo la pureza del ADN mediante el NanoDrop. 260/280 es aproximadamente 1,8 y 260/230 es superior a 1,6 para todos los donantes analizados con tres tubos de recogida de sangre: Citrato, EDTA o heparina.


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